經濟適用房這一制度在實踐過程中出現了很多問題，例如各地屢屢出現面積達數百平方米的超大經濟適用房，搖號弄虛作假，有的變成了一些政府行政部門、事業單位的福利分房。由于經濟適用房屬于國家保障用地，地價遠遠低于市場價，給權力提供了大量尋租空間，甚至導致腐敗的產生。

　　“無法保證公平分配、合理使用的經濟適用房不僅無法解決住房保障的問題，相反還會制造社會的住房不平等，制造更大的住房差距。”全國政協委員、河南臺興房產有限公司董事長王超斌說。