(六)關于調查程序的設定。
調查程序是行政處罰程序的主要環節，只有在違法事實調查清楚，證據確鑿充分的情況下，才能確定違法行為性質并依法對相對人實施行政處罰。正是基于此，《程序規定》對調查程序中的查問、詢問，檢查、查驗、擔保、扣留進行了全面詳細地規定，將步驟設定得盡可能的細致，以充分保障海關的執法統一性、可操作性，保護當時人合法權益。
首先，海關查問違法嫌疑人、詢問證人充分考慮保護其合法權益：(1)查問、詢問前要告知其依法享有的權利；(2)查問、詢問時，海關辦案人員可以到其所在單位或者住所進行查問、詢問；(3)查問、詢問筆錄要交給當事人閱讀、核對，或者向其宣讀；(4)查問、詢問筆錄有誤，允許當事人更正或者補充；(5)查問、詢問不懂中文的外國人要給其提供免費翻譯人員。查問、詢問聾啞人時，應當有手語翻譯參加；(6)第一次查問、詢問時，要詳細記錄當事人有關情況；(7)接受查問、詢問的當事人不滿18周歲的，查問、詢問時，海關應當通知其父母或者其他監護人到場；(8)允許當事人自行提供書面陳述材料。
其次，海關檢查運輸工具和場所、檢查走私嫌疑人身體、查驗貨物、物品應當嚴格依法進行：(1)檢查有關場所、查驗貨物、物品要制作檢查、查驗記錄，真實、客觀、詳細地記載檢查、查驗情況；(2)檢查走私嫌疑身體，不得在公開場合檢查，要在隱蔽的場所或者非檢查人員視線之外；(3)檢查走私嫌疑人身體務必由2名以上與被檢查人同性別的辦案人員執行；(4)檢查走私嫌疑人身體，辦案人員可以請醫生協助，必要時也可以到醫療機構做專業檢查。
(七)關于對扣留的貨物、物品、運輸工具先行變賣的條件。
在海關實際工作中，采取扣留措施往往會涉及一些涉嫌違法的危險品，或者鮮活、易腐、易爛、易失效等不宜長期保存的貨物、物品及所有人申請先行變賣的貨物、物品、運輸工具，上述被扣留的有關貨物、物品、運輸工具如不及時處理，將會嚴重危及人民的生命財產的安全和社會公共安全，有可能會給人民、社會和當事人、所有人帶來不可估量的損失。原則上海關依法扣留的貨物、物品、運輸工具，在人民法院判決或海關處罰決定作出之前是不允許處理的。因為上述被扣留物，在人民法院未判決或者海關未作出處罰決定之前屬于待處理物，其所有權還沒有轉移，性質也沒有最終確定，甚至還有可能發還給當事人(如最后決定上述扣留物不予沒收)，因此，要是提前處理上述被依法扣留的貨物、物品、運輸工具，將會侵犯所有人的合法權益，有可能給當事人、所有人造成難以彌補的損失。但是，考慮到社會的公共安全、人民的生命財產和當事人、所有人的合法權益，對被扣留的貨物、物品、運輸工具，如果是危險品、鮮活、易腐、易爛、易失效、易變質等不宜長期保存范圍的，或者經所有人申請先行變賣的，可先行予以變賣。但是，采取先行變賣措施“應當經直屬海關關長或者其授權的隸屬海關關長批準”；海關在變賣前“應當通知先行變賣的貨物、物品、運輸工具的所有人”；如果變賣前無法通知的，海關“應當在貨物、物品、運輸工具變賣后，通知其所有人”。
(八)關于案件調查中止和終結制度。
海關辦理行政處罰案件一般會有三種結果，一是案件事實清楚、證據充分、辦案程序合法，可以作出行政處罰；二是出現某些情況，中止案件辦理；三是案件沒有辦理下去的必要，終結案件。海關辦理行政處罰案件，在立案后“發現當事人的違法行為應當移送其他行政機關或者刑事偵查部門辦理”時，應當中止辦理案件，立即移送上述部門。海關辦理行政處罰案件過程中，還會出現類似“作為當事人的自然人死亡”、“沒有違法事實的”、“作為當事人的法人或者其他組織終止，無法人或者其他組織承受其權利義務，又無其他關系人可以追查的”等情形，此時，就要終結辦理案件。
(九)完善了處罰告知、復核、聽證制度。
在作出行政處罰決定之前，應當告知當事人處罰的內容，包括其違法事實、證據情況、適用依據、辦案程序、當事人享有的權利等。同時還應允許其陳述、申辯，如果要求聽證，海關還應舉行聽證，充分聽取其意見。這一系列措施都是以維護當事人合法權益為目的，切實做到執法的公正、公平、透明、高效。尤為重要的是，《程序規定》對當事人提出申辯的，規定“海關不得因當事人的申辯而加重處罰”，但是海關發現新的違法事實除外。
(十)關于重大案件集體討論制度。
為慎重處理案件，保證案件定性準確、事實認定清楚、辦案程序合法、適用依據正確，對于一些復雜疑難的重大案件，除按正常程序依法報審外，還應經集體討論決定。《程序規定》規定“對情節復雜或者重大違法行為給予較重的行政處罰，應當由海關案件審理委員會集體討論決定”。
(十一)關于發還程序。
在實踐中，海關有大量需要發還給當事人的各類款項，包括案件抵押金或者扣留貨物、物品等用于抵繳處罰后的剩余款項。許多情況下，相關款項由于當事人未辦理手續而長期在海關的帳戶上掛帳，不但給海關執法帶來困難，也會給當事人帶來損失。《程序規定》規定“將當事人的擔保抵繳或者將當事人被扣留的貨物、物品、運輸工具依法變價抵繳罰款之后仍有剩余的，應當及時發還或者解除扣留、解除擔保”，這樣做，既滿足解決實際問題的客觀需要，也起到降低執法風險的作用，同時最大限度地保護當事人切身利益。
(十二)關于阻止當事人出境問題。
海關的行政處罰決定一旦作出后，就具有權威性和有效性，但是，如果海關發行政處罰決定得不到有效的執行，則該處罰決定將毫無意義，將起不到打擊、懲處走私違法當事人的目的，國家的利益和社會的公共利益將得不到保障，廣大人民群眾的合法權益將得不到維護，因此，海關的行政處罰決定只有得到了有效的執行，整個處罰決定才算完整。為了保證海關行政處罰決定的有效執行，國家賦予了海關有部分強制執行權和申請人民法院強制執行的權利。在海關的實際工作中，如果當事人在我國境內的，其在海關行政處罰決定所規定的期限內一旦未自覺履行義務，則海關可以通過強制執行權或者申請人民法院強制執行等手段迫使當事人履行義務。但是，如果當事人在繳清罰款、違法所得和依法追繳的貨物、物品、走私運輸工具的等值價款之前離境的，海關將難以采取強制執行措施，特別是對于在我國境內沒有固定、永久的住所的境外當事人，如果其在既沒有履行海關行政處罰決定所確定的義務即繳清有關款項，又未向海關提供有關擔保的情況下，一旦離開我國境內，則海關對其所確定的義務，即海關的行政處罰決定將難以得到徹底的執行。因此，《程序規定》要求“受海關處罰的當事人或者法定代表人、主要負責人在出境前未繳清罰款、違法所得和依法追繳的貨物、物品、走私運輸工具的等值價款的，也未向海關提供相當于上述款項擔保的，海關可以通知出境管理機關阻止其出境”。
(十三)關于簡單案件處理程序。
海關每年查辦的近3萬多起的行政處罰案件，相當一部分是行郵渠道和貨運現場部門處理的案件，其中許多案件的違法事實是經過現場調查就能夠做到事實清楚，證據充分，可以當場對當事人作出行政處罰的。此類案件對當事人來說也是迫切希望得到及時處理，以便盡快通關，降低商業成本。因此，從某種意義上講，提高行政效率就意味著對當事人合法權利的有效保護。對這類案件，海關以往的做法是簡化執法程序，特別是案件審理程序和執行程序方面都給予了簡化，但以前除了《海關總署關于行郵現場即決案件處理有關問題的通知》外，沒有其他法律、法規對其當場處罰程序上的合法性予以確認，使海關簡單案件的辦理程序缺乏法律依據。為此，《程序規定》規定了簡單案件的程序規則。首先是簡單案件的范圍，即“行郵、快件、貨管、保稅監管等現場業務及其他海關監管業務中違法事實清楚、違法情節輕微的案件”；其次是簡單案件的告知程序，即“海關進行現場調查后，可以直接制發行政處罰告知單，當場由當事人或者其代理人簽收”；再次是當場對當事人進行處罰的情形，即“當事人當場放棄陳述、申辯或者聽證權利；當事人當場進行陳述、申辯，經海關當場復核后，當事人或者其代理人接受復核意見”。簡單案件制度的確立，進一步規范了海關執法實際中的當場處罰案件程序，強調在依法的前提下，既節約行政成本、提高行政效率，也有利于保護當事人的合法權益，充分體現海關行政處罰服務經濟促進發展的宗旨。
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