歷史問題是中日關系中敏感的政治問題。如何認識和對待日本軍國主義侵略中國的歷史，早在一九七二年中日邦交正常化談判時就是焦點，在中日聯合聲明和中日和平友好條約中有明確表述，是事關中日關系政治基礎的重大原則問題。中方歷來主張“以史為鑒，面向未來”，愿意在尊重歷史的基礎上，發展兩國人民世代友好。但前提是必須正視和承認歷史。1998年江澤民主席訪日時，全面、深入、系統地闡述了中方原則立場。日方首次承認對中國的侵略并表示深刻反省和道歉，并與中方共同確認正確認識和對待歷史是發展中日關系的重要基礎。另一方面，日本極少數右翼勢力否定、美化侵略歷史的活動仍時有發生，主要表現在：右翼勢力通過炮制歷史教科書宣傳反動史觀、日本領導人參拜靖國神社等。

　　2001年以來，連續發生歷史教科書問題和靖國神社問題，對中日關系形成嚴重干擾。中方對此及時進行了必要斗爭，敦促日本政府以實際行動履行在歷史問題上的表態和承諾，并對極少數右翼分子嚴加約束，以正確的歷史觀教育國民。

　　從2001年至2006年，小泉首相無視國際社會、亞洲鄰國和日本人民的關切和反對，六次參拜靖國神社，導致中日關系陷入政治僵局。