2006年8月2日 民進黨“立委”謝欣霓向“高檢署查黑中心”告發,指馬英九挪用特別費當生活費,存款暴增。查黑中心4日簽分“查字第18號”案,交由檢察官侯寬仁調查。
2006年9月起 檢察官展開調查后,共傳訊證人上百人,同時逐一清查1萬多張發票單據。
2006年11月14日 馬英九以關系人身分到案說明。
2006年11月15日 約談市長秘書余文及10名相關證人,厘清化零為整的報帳方式是否涉及偽造文書,包含余文在內的11位關系人訊后均飭回。余文則被改列貪瀆、偽造文書案的犯罪嫌疑人,并限制出境。
2006年11月17日 馬英九首度表示,若此案遭起訴,就會依照黨章規定停止黨權。
2006年11月17日和22日 馬英九先后捐款逾1500萬元。
2006年11月20日 馬英九晚間在黨中央和“立委”一起吃便當再度強調,特別費案他絕對經得起考驗,如果連他都有問題,那么民進黨“四大天王”一個都跑不掉。
2006年11月23日 馬英九二度遭“查黑中心”約談,面對媒體詢問約談狀況,馬英九說不方便透露內容,但他比出手勢說了聲“Safe”,似乎對自己很有信心。
2006年11月24日,國民黨主席、臺北市長馬英九表示,如果他被訴,會立即辭去黨主席職務。
2006年11月30日 臺北市政府上午由委任會計師周志誠說明市長馬英九的捐款細目。周志誠指出,馬的捐款共236筆,總金額為6809萬4910元;其中捐給團體的有188筆,捐給個人有48筆;就項目觀察,捐給公益團體占87.54%,捐給慈善團體占3.28%,其余10%為教育、學術團體,馬英九的捐款數,遠超過他支領的市長特別費。
2006年1月26日 馬英九表示,他完全依照“行政院”規定使用特別費,希望司法能盡快還他清白,面對國民黨內質疑他上了別人的當,他表示若遭起訴就會下臺以示負責,因為紀律很重要。
2006年2月7日 侯寬仁檢察官三度訊問馬英九談特別費屬性,最后認定特別費必須用在公務,但馬英九把8年市長任內1632萬不需單據的特別費全部匯進個人戶頭,甚至還申報個人財產。
2007年2月9日 馬英九接受東森新聞專訪,表示,“我講究清廉,不貪財、不收禮,我沒有犯罪的意圖、也沒有罪的事實,為什么被認為犯罪”,如果因此被起訴,“我很難接受”。
2007年2月13日 “高檢署查黑中心”下午宣布,以貪污罪嫌起訴馬英九,涉嫌“詐領”1117萬元。
資料來源:綜合臺灣東森新聞和中時電子報