2003年6月17日，海峽西岸，有福之州，首屆海峽青年論壇呱呱落地。“‘非典’只是對經濟的危機，而不是經濟的危機”，聲音從論壇首發，為中國經濟撥開“非典”迷霧帶去一縷陽光，恰似新生兒的第一聲啼哭，雖稚嫩，但卻響亮。順應兩岸關系發展的大勢，對接中國·福建項目成果交易會，接受中華全國青年聯合會的領導，探討“海峽、青年、經濟”話題，打造“非官方、非營利、開放性的兩岸四地青年交流平臺”，海峽青年論壇開始顯示出勃勃生機。

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　　2004年，福建省青年聯合會首次聯手中華青年交流協會、港臺青年交流促進會、澳門福建青年聯會，共同舉辦第二屆海峽青年論壇。這一年，福建有了新的戰略定位，“建設海峽西岸經濟區”。6月17日，兩岸四地600余名優秀青年相聚福州，共話“區域互動與青年創業”。這一天，博鰲亞洲論壇秘書長龍永圖充分肯定了海峽西岸經濟區發展戰略；這一天，豐泉環保、康海醫藥、陽光國際、締邦集團、七匹狼以超凡的膽識，共同成立海峽青年論壇促進會，助力論壇前行。

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　　2005年春，連戰、宋楚瑜應胡錦濤總書記之邀來訪，兩岸關系邁出了歷史性的一步，第三屆海峽青年論壇也迎來一股春風。時任全國人大常委會副委員長成思危發來賀信，稱“舉辦海峽青年論壇實為順應歷史大勢之盛舉”。正是在這屆論壇上，福建省青年聯合會與中華青年交流協會簽署了《2005-2008年海峽青少年交流合作備忘錄》，相約推動兩岸青少年交流交往；YBC福建辦公室落戶海峽西岸，開始了幫助青年創業的非凡歷程。

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　　2006年初，胡錦濤總書記視察福建時指出：“兩岸青年應該加強交流，相互促進，共同擔起民族復興的重任”。海峽青年論壇的站位日漸清晰：服務祖國和平統一大業、服務海峽西岸經濟區建設、服務兩岸青年成長成才。從本屆開始，海峽青年論壇升格為中華全國青年聯合會主辦。論壇上，來自大陸、臺港澳地區以及東南亞的19個青年社團共同簽署了《海峽青年論壇交流與合作愿景》。同年8月，論壇成果——首屆兩岸青年聯歡節正式啟動，并成為兩岸青少年每年定期的交流項目。

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　　2007年，支持海峽西岸經濟發展寫入中央文件，海峽西岸漸成青年創業的熱土。這一年，中國青年創業協會總會成為第五屆海峽青年論壇主辦單位的新成員。海西、青年、創新成為論壇最引人共鳴的話題。這一年，中國青年科技創新館首次落戶中國·福建項目成果交易會，臺灣青年科學家首次帶項目參展。

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　　2008年，建設“兩個先行區”成為海西建設的新目標。適應這一變化，第六屆海峽青年論壇開始探討“創業·創意——區域經濟發展中的青年力量”，青年創業、創意產業主題論壇亮點紛呈，中國青年科技創新館成了一個充滿創意的主題公園；青年社團圓桌會議也緊緊圍繞“溝通”的主題，共商兩岸青年交流與合作大計。