隋唐時期，長干寺逐漸破敗。唐長慶四年(公元824年)，時任潤州刺史的李德裕將長干寺阿育王塔地宮打開，從中發現了21枚舍利。李德裕將其中的11枚遷往潤州(今江蘇省鎮江市)，在北固山甘露寺建塔供奉。這些舍利以后一直留在鎮江，成為甘露寺鎮寺之寶。1960年這11枚舍利被考古發掘出土。而另外的10枚則被留在原地，成為長干里佛教復興的基礎。

　　北宋大中祥符年間，埋藏在長干里地下的佛祖舍利經常顯靈，全城僧俗民眾屢生感應。這就是其后10枚真身舍利被稱為“感應舍利”的原由。金陵高僧可政法師將此事上奏給當時的宋真宗，真宗派人調查后認為屬實，下詔重修長干寺，并興建九級佛塔。真宗親自為塔賜名“圣感舍利塔”。在此次重建過程中，從北印度來華的高僧施護將他帶來的佛頂骨舍利捐獻給長干寺，瘞藏于新建的寶塔地宮之中。天禧二年(公元1018年)，真宗根據他的新年號，下詔將長干寺改稱為天禧寺。

　　北宋時期，天禧寺還迎來了第三份重要的舍利，它來自唐代著名高僧玄奘法師(《西游記》中唐僧的原型)。他圓寂后葬于西安少陵原，唐高宗為他特建大唐護國興教寺和五重舍利塔。唐末該塔遭盜發，玄奘遺骨不幸暴露。興教寺僧眾將其中劫余的一塊頂骨護送至終南山紫寺閣，建塔奉養。北宋初年，可政大師在終南山朝圣，無意中發現了這塊頂骨，千里背負迎歸金陵長干寺。其后寺內專門建造了一座“三藏塔”供奉這份舍利。