但是，西藏上層統治集團中的一些人為維護農奴主階級的既得利益和特權，根本反對改革，企圖永遠保持封建農奴制。他們蓄意違背和破壞《十七條協議》，變本加厲地策劃了一系列分裂祖國的活動，直至發動武裝叛亂。1952年三四月間，西藏地方政府的司曹魯康娃和洛桑扎西暗中支持非法組織“人民會議”在拉薩騷亂鬧事，公開反對《十七條協議》，要求人民解放軍“撤出西藏”。1955年5月，十四世達賴由內地返藏途經四川省，隨行的西藏地方政府噶倫索康、達賴副經師赤江借口佛事活動，分別走北路經甘孜、德格，走南路經鄉城、理塘，沿途會見當地土司和寺院住持，策動武力對抗民主改革。西藏“人民會議”領導人阿樂群則一行5人以迎接達賴回藏為名，專程赴西康省雅安、康定等地，協同赤江，與理塘寺住持、反動頭人及長期潛伏在理塘寺的國民黨特務歃血盟誓，組織策劃武裝叛亂。1957年，洛桑三旦(達賴的三哥)授意昌都江達宗頭人齊美貢布按“達賴的指令”，糾合叛亂武裝發動局部叛亂。1957年5月在西藏地方政府噶倫柳霞·土登塔巴、先喀·居美多吉的支持下，成立了“四水六崗”叛亂組織，稍后又成立號稱“衛教軍”的叛亂武裝，公開打出“西藏獨立”和反對改革的口號，叛亂活動愈演愈烈。武裝叛亂分子竄擾昌都、丁青、黑河、山南等地區，破壞交通，襲擊中央派駐當地的機關、部隊，到處搶掠財物，殺戮干部，殘害人民，奸淫婦女。

　　對此，中央人民政府一再嚴正責成西藏地方政府負責懲辦叛亂分子，維護社會治安。但是，西藏上層反動集團錯誤判斷形勢，把中央的耐心等待和忍讓看作是軟弱可欺。他們宣稱：“九年來，漢人動也不敢動我們最美妙最神圣的制度；我們打他們，他們只有招架之功，并無還手之力；只要我們從外地調一大批武裝到拉薩，一打漢人準跑；如果不跑，我們就把達賴佛爺逼往山南，聚集力量，舉行反攻，奪回拉薩；最后不行，就跑印度”。

　　在國外反華勢力的支持下，1959年3月10日，西藏上層反動集團在拉薩經過精心策劃，挑起了全面武裝叛亂。2月7日，十四世達賴喇嘛主動向西藏軍區副司令員鄧少東等提出：“聽說西藏軍區文工團在內地學習回來后演出的節目很好，我想看一次，請你們給安排一下。”鄧少東等當即表示歡迎，并請達賴確定演出時間、地點，同時將達賴的這一愿望告訴了西藏地方政府的索康等噶倫和達賴的副官長帕拉·土登為登等人。3月8日，達賴確定3月10日下午3時到西藏軍區禮堂看演出。3月9日晚，拉薩米本(管理拉薩老城區治安的官員，相當于現在拉薩市城關區公安局長)卻煽動市民說：達賴喇嘛明天要去軍區赴宴、看戲，漢人準備了飛機，要把達賴喇嘛劫往北京；每家都要派人到達賴喇嘛駐地羅布林卡請愿，請求他不要去軍區看戲。次日晨，叛亂分子脅迫2000多人去羅布林卡，散布“軍區要毒死達賴喇嘛”的謠言，呼喊“西藏獨立”、“趕走漢人”的口號。叛亂分子還打傷西藏地方政府卸任噶倫、時任西藏軍區副司令員的桑頗·才旺仁增，用石頭將愛國進步人士、自治區籌委會委員堪窮帕巴拉·索朗降措活活打死，并拴在馬尾上拖尸到市中心示眾。隨后，叛亂頭目連續召開所謂“人民代表會議”、“西藏獨立國人民會議”，公開撕毀《十七條協議》，宣布“西藏獨立”，全面發動武裝叛亂。

　　雖然羅布林卡受到叛亂分子控制，同達賴喇嘛的聯系十分困難，中央駐西藏代理代表譚冠三仍設法通過愛國人士先后于3月10日、11日和15日給達賴喇嘛三封信。譚冠三在信中表示體諒達賴喇嘛的處境，關心他的安全，并指出叛亂分子猖獗地進行軍事挑釁，要求西藏地方政府立即予以制止。達賴喇嘛亦于3月11日、12日和16日先后給譚冠三復信三封。信中說：“反動的壞分子們正借口保護我的安全而進行危害我的活動，對此我正設法平息。”“反動集團的違法行為，使我無限憂傷……以保護我的安全為名而制造的嚴重離間中央與地方關系的事件，我正盡一切可能設法處理。”在16日的信中，他還表示，已對地方政府官員等進行了“教育”和“嚴厲地指責”，并表示幾天后還可能到軍區去。但是，3月17日夜，達賴喇嘛與噶倫索康、柳霞、夏蘇等叛亂頭目一起逃離拉薩，前往叛亂武裝的“根據地”山南。叛亂失敗后，又逃往印度。

　　達賴喇嘛離開拉薩后，叛亂分子調集約7000人，于3月20日凌晨向在拉薩的黨政軍機關發動全面進攻。人民解放軍駐拉薩部隊在忍無可忍、讓無可讓的情況下，于當日上午10時奉命進行反擊。在西藏各族人民的支持下，只有1000余人的解放軍，僅用兩天時間，便一舉殲滅了集結在拉薩地區的叛亂武裝，平息了拉薩的叛亂。之后，又繼續迅速平息了西藏其他地區的叛亂活動。

　　正如毛澤東主席指出的：“達賴要叛亂的陰謀從1955年由北京回去后就開始了。1957年初他從印度回來，到1958年布置了兩年。”1959年逃亡國外后，十四世達賴及其政治集團更是公然成立所謂“西藏流亡政府”，公開宣布“西藏獨立”，重新組建叛亂武裝，在中國邊境進行多年的軍事襲擾，在國際上長期從事反華活動，在西藏和其他藏區策動多起騷亂事件，在分裂祖國的道路上越走越遠。

　　西藏的武裝叛亂，從一開始就得到國外反華勢力的支持。據西方某媒體1971年1月26日報道，1957年2月，某國情報機構在太平洋某島訓練了“四水六崗”叛亂分子。從1956年到1957年，該情報機構先后遴選了170多名叛亂分子到該國的“康巴游擊隊員訓練基地”受訓。接受訓練后的數百名藏人被空投回西藏，隨身配備了手提機槍，脖子上還掛著裝有達賴相片的小金盒。該情報機構共訓練了2000名西藏人游擊隊。1958年7月和1959年2月，該情報機構向“四水六崗”叛亂武裝進行了兩次武器空投，包括403支步槍、20挺輕機槍和60箱手榴彈，以及幾口袋印度盧比。1958年11月，該情報機構通過所謂“麥克馬洪線”以南印度占領區，向山南叛軍運送了226馱武器裝備。次年1月，又通過尼泊爾運入40馱物資，經協噶爾運給山南叛亂武裝。該情報機構先后對康區叛軍進行了30多次空投，投下的物資多達250噸，包括近萬支M-1步槍、沖鋒槍等槍械以及輕便的57無后坐力炮和高射機槍。據另一西方媒體1999年8月16日的文章說：1957年至1960年，西方某國給西藏游擊隊空投了400多噸物資。該國“每年在西藏行動中共花費資金高達170萬美元”。

　　在達賴出逃途中，上述情報機構改裝一架飛機沿途空投物資，以無線電與叛亂武裝及附近各情報站聯絡，并將全部逃亡過程記錄在案。香港一媒體1974年2月11日的報道透露：據參與這次行動的人員說，達賴喇嘛離開他的首府是西方某情報機構策劃的。該國的間諜飛機曾飛入西藏數百英里，對達賴集團進行空中掩護，空投食品、地圖、收音機和金錢，還掃射中國的陣地，并為這次行動拍攝了影片。

　　鑒于西藏上層反動統治集團已經完全走上叛國的道路，1959年3月28日，周恩來總理發布國務院命令，決定解散西藏地方政府，由西藏自治區籌備委員會行使地方政府職權，由十世班禪額爾德尼代理主任委員職務。與此同時，中央人民政府提出“邊平叛邊改革”的方針，領導西藏人民掀起了波瀾壯闊的民主改革運動，徹底摧毀了政教合一的封建農奴制度，實現了百萬農奴和奴隸夢寐以求的當家作主的權利。